เมื่อ 30 ล้านปีก่อน โลกเคยถูกปกคลุมไปด้วยความมืดที่น่าสะพรึงกลัว แต่ทว่าความมืดดังกล่าวนั้นก็ถูกผนึกไว้ในอวกาศที่แสนไกล ด้วยฝีมือของมนุษย์ยักษ์แห่งแสงในอดีตกาล มนุษย์ยักษ์แห่งแสงผู้นั้นได้ทุ่มพลังทั้งหมดขจัดความมืดจนหมดสิ้น และหลับใหลอยู่บนดาวเคราะห์สีแดง และ วันเวลาล่วงเลยไปนับศตวรรษ...

ปัจจุบันสมาพันธ์รักษาความสงบสุขของโลก TPU (Terrestrial Peaceable Union) ได้ก่อตั้งทีมผู้เชี่ยวชาญพิเศษ GUTS-SELECT ขึ้นมา ขณะเดียวกัน มานากะ เคนโกะ เด็กหนุ่มที่ใช้ชีวิตอยู่อย่างสงบสุขในฐานะนักพฤกษศาสตร์บนดาวอังคารที่กำลังบุกเบิกพัฒนา แต่แล้ววันหนึ่งความสงบสุขก็พลันสิ้นลง เมื่อความมืดที่เคยถูกปิดผนึกในยุคโบราณถูกปลดปล่อย เหล่ามนุษย์ยักษ์แห่งความมืดที่เป็นอิสระจึงเริ่มออกอาละวาดอีกครั้ง ท่ามกลางซากปรักหักพังของนครบนดาวอังคาร ที่กำลังถูกเหยียบย่ำโดยสัตว์ประหลาดปริศนา และแล้วโชคชะตาก็ได้นำพา เค็นโกะ มาพบกับ มนุษย์ยักษ์แห่งแสงตนนี้ โดยภารกิจอันยิ่งใหญ่นี้จะเปลี่ยนชะตาของเขากับ โลกใบนี้ไปจากเดิมอย่างสิ้นเชิง หลังจากที่เขาได้รับเลือกให้ต่อสู้ในฐานะ มนุษย์ยักษ์แห่งแสงผู้มาจากอดีตอันไกลโพ้น นามนั้นคือ อุลตร้าแมนทริกเกอร์[4][3]